Ընդհանուր վիրաբուժության ծառայությունը գործում է ինստիտուտի հիմնադրման տարիներից, այն եղել է լավագույններից մեկը հանրապետությունում, կատարվել են գործնական և գիտահետազոտական մեծածավալ աշխատանքներ: Ծառայությունում աշխատել են անվանի վիրաբույժներ, պրոֆեսորներ, ԵՊԲՀ և ԱԱԻ դասախոսներ:

2019թ. ձևավորվել է Ընդհանուր վիրաբուժության կլինիկա, որի ղեկավար է նշանակվել պրոֆ. Ս.Ա.Ստեփանյանը: Ներկայումս կլինիկայի ծառայության մեջ գործում են հետեւյալ բաժանմունքները․

1. Որովայնային և էնդոկրին վիրաբուժության բաժանմունք (բաժանմունքի վարիչ՝ պրոֆեսոր, բ.գ.դ. Սուրեն Սղոյի Ստեփանյան)

2. Անհետաձգելի և լապարասկոպիկ վիրաբուժության բաժանմունք (բաժանմունքի վարիչ՝ Արմեն Ռոբերտի Հարությունյան)

3. Վիրաբուժական հեպատոլոգիայի բաժանմունք (բաժանմունքի վարիչ՝ Սերգեյ  Հարությունի Հակոբյան)

4. Կրծքագեղձի վիրաբուժության բաժանմունք (բաժանմունքի վարիչ՝ Արմեն Հրանտի Քոչարյան)

Վիրաբուժության կլինիկայում կատարվում են տարեկան ավելի քան 1500 վիրահատություններ: Մեծ թիվ են կազմում սիմուլտանտ միջամտությունները, երբ մի վիրահատության ընթացքում կատարվում են միջամտություններ տարբեր օրգանների վրա, տարբեր ախտահարումների կապակցությամբ:

Որովայնային և էնդոկրին վիրաբուժության բաժանմունքում կատարվում են լայն սպեկտրի վիրահատական միջամտություններ.

• Կերակրափողի ուռուցքների, հետայրվածքային նեղացումների կապակցությամբ մասնահատումներ,
• Կերակրափողի դիվերտիկուլների հեռացում,
• Հիվանդագին ճարպակալման կապակցությամբ բարիատրիկ վիրահատություններ,
• Ստամոքսի, 12-մատնյա աղու բարորակ և չարորակ ուռուցքների կապակցությամբ լապարասկոպիկ և բաց վիրահատություններ,
• Ստամոքսի և 12-մատնյա աղու խոցային հիվանդության կապակցությամբ մասնահատումներ և վագոտոմիաներ,
• Ստամոքսի և 12-մատնյա աղու խոցերի պերֆորացիաների կապակցությամբ լապարասկոպիկ և բաց վիրահատություններ,
• Բարակ աղու ուռուցքների, Կրոնի հիվանդության կապակցությամբ լապարասկոպիկ և բաց վիրահատություններ,
• Լապարասկոպիկ և բաց ապենդէկտոմիա,
• Աղիքային անանցանելիության կապակցությամբ լապարասկոպիկ և բաց վիրահատություններ,
• Հաստ աղու, ուղիղ աղու քաղցկեղի կապակցությամբ լապարասկոպիկ և բաց վիրահատություններ,
• Լեղաքարային հիվանդության կապակցությամբ լապարասկոպիկ և բաց վիրահատություններ,
• Լեղուղիների ուռուցքների կապակցությամբ վիրահատություններ,
• Մեխանիկական դեղնուկների կապակցությամբ նվազինվազիվ, ամոքիչ և ռադիկալ վիրահատություններ,
• Ենթաստամոքսային գեղձի մասնահատումներ ուռուցքների կապակցությամբ,
• Վիրահատություններ ենթաստամոքսային գեղձի կիստաների և քրոնիկ պանկրեատիտի կապակցությամբ,
• Լապարսկոպիկ և բաց սպլենէկտոմիա փայծաղի հիվանդությունների կապակցությամբ,
• Որովայնի արտաքին ճողվածքների (աճուկային, ազդրային, պորտային, սպիտակ գծի, հետվիրահատական) և նրանց օղակումների, այլ բարդությունների կապակցությամբ լապարասկոպիկ և բաց վիրահատություններ,
• Ստոծանու կերակրափողային բացվածքի ճողվածքների և գաստրոէզոֆագեալ ռեֆլյուքսային հիվանդության կապակցությամբ լապարասկոպիկ և բաց վիրահատություններ,
• Էխինոկոկոզի տարբեր տեղակայումների (լյարդի, փայծաղի, ենթաստամոքսային գեղձի և այլ) կապակցությամբ վիրահատություններ,
• Վահանագեղձի քաղցկեղի, խպիպների, թիրեոիդիտների կապակցությամբ վիրահատություններ,
• Հարվահանագեղձերի ուռուցքների կապակցությամբ վիրահատություններ,
• Մակերիկամների ուռուցքների, կիստաների կապակցությամբ վիրահատություններ,
• Որովայնի խոռոչի թարախակույտերի, կիստաների միջմաշկային դրենավորում սոնոգրաֆիայի և կոմպյուտերային տոմոգրաֆիայի հսկողութան տակ,
• Կրծքագեղձի բիոպսիաներ ուռուցքային հիվանդությունների ախտորոշման համար,
• Կրծքագեղձի բարորակ ուռուցքների հեռացում,
• Կրծքագեղձի բորբորքային հիվանդությունների կոնսերվատիվ և վիրահատական բուժում,
• Կրծքագեղձի չարորակ հիվանդությունների վիրահատական բուժում (արմատական մաստէկտոմիա, կրծքագեղձի մասնահատում, անութափոսեր, լիմֆոդիսեկցիա I, II, III աստիճանի),
• Կրծքագեղձի ուռուցքի եզրերի մետաղական նշագրում,
• Կրծքագեղձի արմատական հեռացում մաշկի և պտուկի պահպանումով՝ էսպանդերի կամ իմպլանտի տեղադրումով,
• Հավելյալ կրծքագեղձի հեռացում,
• Կրծքագեղձի կիստաների հեռացում,
• Մաշկի գոյացությունների հեռացում,
• Port-a-carth-ի տեղադրում քիմիաթերապիայի համար (տեղային կամ ընդհանուր անզգայացմամբ)
• Վեր և ստորանրակային լիմֆոդիսեկցիա,
• Լիմֆատիկ հանգույցների բաց բիոպսիա: